San Rafael, oficialmente San Rafael de Velasco, es una localidad y municipio de Bolivia, ubicado en la provincia Velasco al noreste del departamento de Santa Cruz. El municipio tiene una superficie de 9.685 km² y cuenta con una población de 6.139 habitantes. La localidad se encuentra a 74 km de San Ignacio de Velasco y a 544 km de la ciudad de Santa Cruz de la Sierra.
El municipio tiene una topografía ondulada con presencia de colinas y serranías. Su clima es cálido y tiene una temperatura media de 24,7ºC.
San Rafael fue el segundo pueblo que fundó la Compañía de Jesús, siendo los padres jesuitas Juan Bautista Zea y Francisco Hervas los que fundaron el pueblo 24 de octubre de 1696.